Тогда же он выступает против «закона» об убывающем плодородии почв и пишет: «Наша экономическая отсталость, наше невежество истощили почвы, а не истощение почвы породило незнание, нашу отсталость».

В 1883 г. Докучаев с блеском защищает в Петербургском университете докторскую диссертацию «Русский чернозем» и становится профессором. Через два года этот классический труд, заложивший твердые основы нового почвоведения, был удостоен первой Макарьевской премии Академии наук.

К периоду 1882 — 1895 гг. относятся три крупнейших экспедиции, проведенные под руководством Докучаева с присущими ему глубиной, широтой, тщательностью наблюдений, на высоком теоретическом уровне в сочетании с огромной практической ценностью выводов. Это были экспедиции Нижегородская, Полтавская и так называемая Особая экспедиция по испытанию и учету различных способов и приемов лесного и водного хозяйства в степях России.

Нижегородская экспедиция Докучаева (1882 — 1886) провела широкие комплексные исследования природы и почв бывшей Нижегородской губернии, результатом которых был выпуск 14 томов «Материалов к оценке земель Нижегородской губернии» и создание в Нижнем Новгороде [город Горький] первого в России губернского естественноисторического музея.

Полтавская экспедиция (1888 — 1894) дала аналогичные результаты — 16 выпусков «Материалов к оценке земель» и основание Полтавского естественноисторического музея. Комплексность этих исследований сам Докучаев охарактеризовал следующими словами: «На нас не лежало формальной обязанности исследовать геологическое строение Полтавской губернии: мы могли оставить в стороне и растительность ее, но так как при детальном изучении почв нельзя было обойтись без ближайшего знакомства с их подпочвами, так как геоботанические формации являются обыкновенно и формациями почвенными, то естественно, что и нам пришлось заглянуть в область местной геологии и ботаники». В трудах Полтавской экспедиции Доку чаев высказал ценнейшие для географии мысли о роли рельефа в почвообразовании, о значении возраста местности, о древних границах распространения лесов.

Разразившаяся в 1891 г. засуха и страшный неурожай привлекли внимание Докучаева к причинам этого бедствия, заставили его сильнее задуматься над возможными мерами предотвращения засух и неурожаев и послужили поводом для опубликования ряда газетных статей, составивших затем замечательную книгу «Наши степи прежде и теперь». Эта книга содержит всестороннее описание природы наших степей, способов упорядочения их водного хозяйства, программу планомерного изменения их водного режима и мысли о создании полезащитных лесных полос в степях.

В 1892 — 1895 гг. Докучаев возглавляет в качестве управляющего Ново-Александрийский институт сельского хозяйства и лесоводства в бывшей Люблинской губернии, вводит много усовершенствований в высшее сельскохозяйственное образование и основывает в 1894 г. первую в стране кафедру почвоведения. Здесь хорошо проявился и общественно-политический облик ученого-гуманиста и демократа. Ученик Докучаева Н А. Димо пишет, что Докучаев не только знал о существовании марксистского студенческого кружка во вверенном ему институте, но даже посещал заседания этого кружка. Докучаев охотно принимал в свой институт студентов, изгнанных самодержавием из других высших учебных заведений за политическую неблагонадежность.

В те же годы (с 1892 г.) Докучаев начинает и продолжает вплоть до 1895 г. крупнейшую из своих экспедиций — «Особую экспедицию по вопросам сельского и лесного хозяйства в степях». Ее результатом явились 18 томов «Трудов экспедиции, снаряженной Лесным департаментом под руководством В.В.Докучаева» и организация ряда опытных участков (Каменностепского, Старобельского и Великоанадольского), где практически испытывались методы улучшения природных условий, предложенные Докучаевым. Особую известность приобрели исследования Докучаева в Каменной степи, где под его личным руководством были посажены 125 гектаров защитных лесополос.

Начиная с 1877 г. Докучаев неоднократно демонстрировал собранные в экспедициях почвенные образцы и составленные им почвенные карты на выставках, всюду получая высокие оценки своей деятельности, отличия и медали. Коллекции и труды Докучаева фигурировали на всероссийских художественных и промышленных выставках 1882 и 1896 гг., на всемирных Выставках в Париже 1889 и 1900 г., на всемирной Колумбовской вы ставке в Чикаго 1893 г., на Всероссийской сельскохозяйственной выставке 1895 г. и др.

Все эти годы Докучаев вел напряженную организационную работу — добивался организации почвенного музея, создал Бюро по почвоведению при министерстве земледелия и государственных имуществ, возглавлял комплексную работу Комиссии по исследованию Петербурга и его окрестностей, писал десятки программ и инструкций, настаивал на открытии кафедр почвоведения при университетах.