Судьба космодрома после развала СССР и обретения Казахстаном независимости (хронология).

Ø 1991—1993 годы — кризисный период космодрома после распада СССР. Количество космических запусков резко сократилось, целый ряд офицеров и работников промышленности, в сложившейся обстановке хаоса и неизвестности, предпочли со своими семьями уехать с космодрома на родину (в Россию, на Украину и т. д.) в поисках лучшей жизни. Неясен был и статус космодрома, поскольку он «оказался» на территории суверенного Казахстана, а фактически эксплуатацию «Байконура» осуществляла Россия. Последней каплей стала передача коммунальных служб города от военного ведомства местным казахстанским властям, у которых не было ни средств, ни персонала для эксплуатации обширного городского хозяйства. Всё это привело к большим бытовым проблемам в суровую морозную и снежную зиму 1993/1994 года: в жилых и служебных зданиях города и космодрома постоянно отключалась подача электроэнергии, а тепло- и водоснабжение работали с огромными перебоями; во многих квартирах города температура воздуха снижалась до нуля градусов.

Население города сократилось почти вдвое. По данным УВД в феврале 1995 года на комплексе «Байконур» проживало 72 тыс. человек, из них в городе 55855 человек, остальные — в посёлках Тюра-Там и Акай. Было зарегистрировано 50 тыс. русских, 21 тыс. казахов, 2 тыс. украинцев и 2 тыс. других национальностей.

Ø В 1994 году космодром с городом Ленинск (ныне Байконур) передан в аренду России. Годовая стоимость аренды — 115 млн долл., в счёт оплаты поставляется Казахстану военная и другая техника. Около 1,5 млрд рублей в год Россия тратит на поддержание объектов космодрома, на содержание города Байконура — около 1,16 млрд рублей (по состоянию на 2012 год). Это единственный космодром в распоряжении России, позволяющий осуществлять пилотируемые программы и вывод космических аппаратов на геостационарную орбиту — другие национальные космодромы России для таких стартов не приспособлены.

Ø 6 июля 1999 года, после аварии российского военного спутника связи «Радуга», власти Казахстана временно запретили пуски с космодрома ракет космического назначения. Это противоречило двухстороннему Договору об аренде космодрома Россией, и 15 июля 1999 года, после возмещения ущерба российской стороной, пуски возобновились.

Ø На встрече В. Путина и Н. Назарбаева 9-10 января 2004 года в Астане было подписано соглашение о развитии сотрудничества по эффективному использованию комплекса «Байконур», срок аренды был продлён до 2050 года при той же арендной плате $115 млн в год.

Ø В конце 2004 года было объявлено о планах создания на «Байконуре» ракетно-космического комплекса «Байтерек». С его помощью планируют совершать коммерческие запуски космических аппаратов с помощью проектируемой ракеты-носителя «Ангара». Эксплуатация ракетно-космического комплекса будет происходить на принципах равного участия России и Казахстана. Финансирование проекта лежит на казахской стороне, а Россия отвечает за разработку.

Ø В сентябре 2004 года назначен действующий Представитель Президента Республики Казахстан на космодроме «Байконур»БасекеевАдильбекАлимжанович.

Ø В 2005 году дислоцирующиеся на «Байконуре» космические войска приступили к завершающему этапу передачи эксплуатируемых ими объектов Роскосмосу. К концу 2007 года космодром покинули большинство военно-космических частей; на космодроме осталось лишь около 500 российских военнослужащих.

Ø 6 сентября 2007 года РН «Протон-М» после неудачного запуска упала в 40 км от города Жезказган, при этом на почву попало несколько тонн высокотоксичного топлива (гептила). По требованию казахстанской стороны, запуски ракет такого типа временного приостанавливались.

Ø По состоянию на конец 2012 года проект создания совместного российско-казахстанского ракетно-космического комплекса «Байтерек» (на основе новой ракеты-носителя «Ангара») фактически зашёл в тупик. Достигнуть компромисса по вопросу финансирования проекта не удалось. Вероятно, Россия будет строить стартовый комплекс для «Ангары» на новом космодроме «Восточный».

Ø В декабре 2012 года председатель Национального космического агентства Казахстана (Казкосмос) Талгат Мусабаев заявил, что в целях снижения стоимости проекта «Байтерек» Казахстану целесообразно отказаться от внедрения новой ракеты-носителя «Ангара» и использовать существующую ракету-носитель «Зенит».