Биоинформатический инструмент

Оглавление

1. Биоинформатический инструмент…………………………………...……3

1.1. Программные коды всех использованных в работе скриптов………….3

1.2. Найденные в бактериальных геномах спейсерные последовательности……………………………………………………….6

1.3. Координаты протоспейсеров после картирования на геномы бактериофагов……………………………………………………………..7

1.4. Последовательности PAM-сайтов, визуализированных с помощью WebLogo3………………………………………………………………….8

1.5. Отчета с анализом результатов работы инструмента и сопоставление полученных данных с литературными………………………………….9

2. I n vitro система………………………………………………………………10

2.1. Описание созданной системы и общего принципа действия………..10

2.2. Общая схема эксперимента с указанием основных этапов создания и тестирования системы…………………………………………………..12

2.3. Файлы с картами созданных генетических конструкций в формате gb…………………………………………………………………………13

2.4. Список необходимых реактивов и оборудования……………………16

2.5. Протоколы процедур для выполнения в лаборатории……………….19

3. Список литературы ……………………………………………………….27

 

Биоинформатический инструмент

Программные коды всех использованных в работе скриптов

Скрипт поиска последовательностей геномов, предназначен для определения координат заданных геномных последовательностей в файле.

Характеристики скрипта

Размер кода программы - 1,51 КБ

Количество строчек кода - 52

 
Код програмы:

text = input("Введите путь к файлу: ")

piece_of_text = input("Введите последовательность знаков: ")

output = input("Введите название нового файла: ")

numbers = [str(x) for x in range(10)]

 

len_of_piece = len(piece_of_text)

genom = []

beg = 0

numb = 0

new_text = ""

file = open(text, "r")

for string in file:

    for number in numbers:

              if number in string:

                       string = string.replace(number, "")

    string = string.replace(" ","")

    string = string.strip()

    new_text += string

    len_new_text = len(new_text)

   

numb_mas = []

while True:

numb = new_text.find(piece_of_text, beg)

if numb == -1:

   break

genom += new_text[numb - 10: numb], new_text[(numb + len_of_piece): (numb + (len_of_piece - 1) + 11)]

beg = numb + 1

numb_mas.append(numb)

 

genom = " ".join(genom)

print(numb_mas)

piece_of_text = piece_of_text[::-1]

print(piece_of_text)

while True:

numb = new_text.find(piece_of_text, beg)

if numb == -1:

   break

genom += new_text[numb - 10: numb], new_text[(numb + len_of_piece): (numb + (len_of_piece - 1) + 11)]

beg = numb + 1

numb_mas.append(numb)

genom = " ".join(genom)

 

 

file.close()

 

 

new_file = open(output, "w")

new_file.write(str(genom))

new_file.write(str(numb_mas))

new_file.close()

 

print('Ваш файл сохранен.')

 

Найденные в бактериальных геномах спейсерные последовательности

Streptococcus pyogenes GCF_001635895

NZ_CP013838_2 спейсер 5(846495-846560)

TTAGAGGCCTATTTCACAGACAAAGACATC обнаружен в геноме исследуемого фага

Streptococcus pyogenes GCF_001635895

NZ_CP013838_4 спейсер 9(1222847 -1222912)

ACTAGATTCGCCTCACGCTCTCCTCGCCAAATTT обнаружен в геноме исследуемого фага

Streptococcus pyogenes GCF_001635975

NZ_CP013840_2 спейсер 3(790897-790962)

TAGAGGCCTATTTCACAGACAAAGACATC обнаружен в геноме исследуемого фага

Streptococcus pyogenes GCF_001020185

 NZ_CP011535_2 спейсер 3(1100792-1100857)

GGAAAGCAGGAGAAAGGACGTTAATATGTC обнаружен в геноме исследуемого фага

Streptococcus mutans GS-5 34

NC_018089_2 34 спесер (1420125...1420185)

CATTAAAGCCTGAAGCAGTAGATGAGATTGACA обнаружен в геноме исследуемого фага

Streptococcus mutans NN2025 60

NC_013928_2 60 спесер (746697...746762)

GCACTACAAGACGGCTATTGCTGATGAAGT обнаружен в геноме исследуемого фага

Streptococcus mutans UA159

NC_004350_1 3 спесер (1328012...1328077)

CTAACTATGATGACACAACAGCTTTTAGCG обнаружен в геноме исследуемого фага

Streptococcus thermophilus ASCC 1275 GCF_000698885

NZ_CP006819_4 12 спесер(823708...823773)

CATAGAGTGGAAAACTAGAAACAGATTCAA обнаружен в геноме исследуемого фага

Streptococcus thermophilus ASCC 1275 GCF_000698885

NZ_CP006819_4 14 спесер (823840...823905)

GAGCGAGCTCGAAATAATCTTAATTACAAG обнаружен в геноме исследуемого фага

Координаты протоспейсеров после картирования на геномы бактериофагов

Streptococcus phage APCM01

CATTAAAGCCTGAAGCAGTAGATGAGATTGACA (30481...30513)

Streptococcus phage APCM01

GCACTACAAGACGGCTATTGCTGATGAAGT (1571...1600)

Streptococcus phage M102

CTAACTATGATGACACAACAGCTTTTAGCG (13449...13478)

Streptococcus phage 20617

CATAGAGTGGAAAACTAGAAACAGATTCAA (7663...7692)

Streptococcus phage 20617

GAGCGAGCTCGAAATAATCTTAATTACAAG (27571...27600)

Streptococcus pyogenes phage 315.3

TTAGAGGCCTATTTCACAGACAAAGACATC (13215...13244)

Streptococcus pyogenes phage 315.3

ACTAGATTCGCCTCACGCTCTCCTCGCCAAATTT (1320...1353)

Streptococcus pyogenes phage 315.3

TAGAGGCCTATTTCACAGACAAAGACATC (13216...13244)

Streptococcus pyogenes phage 315.3

GGAAAGCAGGAGAAAGGACGTTAATATGTC (17995...18024)

Оглавление

1. Биоинформатический инструмент…………………………………...……3

1.1. Программные коды всех использованных в работе скриптов………….3

1.2. Найденные в бактериальных геномах спейсерные последовательности……………………………………………………….6

1.3. Координаты протоспейсеров после картирования на геномы бактериофагов……………………………………………………………..7

1.4. Последовательности PAM-сайтов, визуализированных с помощью WebLogo3………………………………………………………………….8

1.5. Отчета с анализом результатов работы инструмента и сопоставление полученных данных с литературными………………………………….9

2. I n vitro система………………………………………………………………10

2.1. Описание созданной системы и общего принципа действия………..10

2.2. Общая схема эксперимента с указанием основных этапов создания и тестирования системы…………………………………………………..12

2.3. Файлы с картами созданных генетических конструкций в формате gb…………………………………………………………………………13

2.4. Список необходимых реактивов и оборудования……………………16

2.5. Протоколы процедур для выполнения в лаборатории……………….19

3. Список литературы ……………………………………………………….27

 

Биоинформатический инструмент